《管理办法》指出，引导资金支持自由探索类基础研究、科技创新基地建设、科技成果转移转化及区域创新体系建设四个方面。其中，在科技成果转移转化方面，《管理办法》将“有效提升产业创新能力”的科技成果转化示范项目 也纳入其中。

　　《管理办法》重点对引导资金的分配方法进行了调整，修订后的《管理办法》明确，引导资金采取项目法和因素法相结合的方法分配。 采取项目法分配的引导资金包括：对国务院办公厅公布的科技创新领域真抓实干成效明显的省份，予以定额奖励;落实党中央、国务院关于建设区域性创新高地的决策部署，需要重点支持的科技创新基地、科技成果转移转化等项目;落实党中央、国务院关于科技创新的决策部署，需要重点支持的其他事项。

　　采取因素法分配的引导资金，分配因素主要有：地方基础科研条件情况(占比50%)体现科研机构、研发人员、科研仪器设备、研发经费投入、基础研究投入等基础科研条件情况。地方科技创新能力提升情况(占比50%)体现地方支持自由探索类基础研究、加强科技创新基地建设、支持科技成果转移转化、支持区域创新体系建设等情况。

　　《管理办法》还强调，地方各级财政、科技部门应当加强资金分配项目申报及使用管理。不符合法律、行政法规等规定，相关目标已经实现或实施成效差、绩效低的项目，以及已从中央基建投资渠道获得中央财政资金支持的项目，不得申请引导资金支持。

　　地方各级财政、科技部门以及引导资金具体使用单位，应当对上报的可能影响资金分配结果的有关数据和信息的真实性、准确性负责。切实加强项目预算绩效管理，强化预算执行，不断提高资金使用绩效。发现违规使用资金、损失浪费严重、低效无效等重大问题的，应当按照程序及时报告财政部、科技部等部门。